养分齐全：有机肥中有机质含量丰富，并且含有氮、磷、钾以及多种中微量元素。
生物活性物质丰富：施用有机肥可促使大量有益活性菌繁殖，并抑制有害微生物的繁殖，从而促进作物健壮生长。
改善土壤：施用有机肥可促进土壤团粒结构形成，改善土壤物理性状，培肥地力，增强土壤的透气能力，同时可以避免土壤板结、酸化。
一、使用有机肥的优点
1、养分齐全
（1）禽畜粪尿有机肥因为含有丰富的有机质,可以提供作物氮磷钾及多种中微量元素，大幅提高农产品的品质，施用后可让瓜菜甜、米饭香，而且可以有效改善土壤理化性状，疏松土壤，增强土壤透气性，大幅提高地力。
（2）生物有机肥成分中含有如固氮菌、解磷菌、解钾菌等，施用后可转化土壤中的营养物质为作物所用，源源不断给作物供应养分。
2、生物活性物质丰富
禽畜粪尿有机肥的施用会使大量有益活性菌迅速繁殖，可有效抑制有害微生物的生长，同时产生多种酶，促进作物健壮生长，增强作物的抗逆和抗病虫害能力，减少农药施用量，缓解连作障碍。
3、改善地力
（1）大量有益活性菌直接参与土壤物质和能量转化、腐殖质形成和分解等过程，对土壤团粒结构起到胶粘作用。
（2）有效改善土壤物理性状，增强土壤的透气、保水、保肥能力，避免土壤板结和酸化，培肥地力，提高肥料利用率，降低施肥成本，使土地实现良性循环。
二、商品有机肥的优点
1、商品有机肥比粪肥“无害”
（1）两种肥料的区别重点在于“腐熟”和“无害”。
（2）与商品有机肥相比，粪肥存在许多缺陷：一是含盐分较多，容易使土壤盐化。二是粪肥带有大量的病菌、虫卵，引发棚室内的病虫草害；三是粪肥养分含量不稳定，不可做到合理补肥。四是粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。
2、商品有机肥改良土壤效果更迅速
（1）若是土壤出现了不良状况，使用商品有机肥改良比粪肥更加快速，这是由于商品有机肥具有洁净性和完熟性两大特点。
（2）商品有机肥在制作过程中不仅进行高温杀虫，通过微生物完全发酵，并且非常好地控制氧气和发酵温度，使有机物质分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留。使用后不会产生对蔬菜有影响的物质。
3、商品有机肥的养分配比更合理
商品有机肥中的各类养分是可调整的，可以针对不同的土壤状况使用不同养分含量的产品。