硝化细菌对鱼类没有危害，因为它是有益菌。
水中的有毒物质以氨气、亚硝酸为主，这些有毒物质均会被硝化细菌分解，并生成无毒的硝酸盐，而硝酸盐能够被藻类吸收、同化。
一、硝化细菌对鱼类是否有害
1、硝化细菌是一种有益菌，使用后不会危害到鱼类。
2、水中的主要有毒物质为氨气、亚硝酸，这两种有毒物质会被硝化细菌分解成无毒的硝酸盐，而硝酸盐可作为氮肥被藻类吸收、同化。
3、饲养水质中不能缺少硝化细菌，否则水中的氨含量会快速增加，导致鱼虾死亡。
4、硝化细菌可以调理水质，将它用在鱼缸中经过10-15天左右便可创造出良好的生态环境（期间可以换水，但每次的换水量不能超过1/5），同时也有利于增强鱼儿的免疫力。
二、硝化细菌的作用及使用方法
1、作用
（1）净化水质：硝化细菌可以分解水中的部分有机物，清除杂质，净化水质。
（2）降低氨浓度：硝化细菌能够降低氨浓度，防止水中的氨气含量过高。
（3）平衡水中的微生物：养鱼的水质中通常含有大量细菌，使用硝化细菌可让水中的微生物数量保持平衡。
2、用法
（1）每70升水添加10毫升硝化细菌，对于新鱼缸，可在饲养前2周向35升水中添加10毫升硝化细菌，每隔7天添加1次，14天后改为正常用量。
（2）水中溶氧充足时才能使用硝化细菌，使用时水温以25℃左右为宜，PH值要处于弱碱性，这样更利于硝化细菌的繁殖。