严禁从病区引种：若不确定种子是否带病，可用温水或0.15托布津药液浸种10分钟。
轮作倒茬：可与棉花、烟草、蔬菜等作物轮作。
增施有机肥：可施用腐熟的有机肥，来提升植株抗逆能力。
拌种防治：药物拌种后再播种可有效避免小麦全蚀病。
合理喷药：小麦播种后用三唑酮兑水喷洒，可以有效控制全蚀病、白粉病和锈病，混合病虫区可用药物进行拌种处理。
一、如何防治小麦全蚀病
1、发病症状
（1）主要为害小麦地下部分根部和茎基部1-2节处。小麦抽穗后田间病株成簇或点片状发生早枯白穗，病根变黑，易于拔起。
（2）在茎基部表面及叶鞘内布满紧密交织的黑褐色菌丝层，呈“黑脚”状，天线后颜色加深呈黑膏药状，上密布黑褐色颗粒状子囊壳。
2、发生原因
（1）小麦全蚀病在中国西北、华北春麦区发生普遍，北方冬麦区局部地区有发生。
（2）一般发病区产量降低20%以上，严重者产量降低50%以上。土壤肥力、耕作制度以及耕作条件等都是影响小麦全蚀病发生的主要原因。
3、防治方法
（1）严禁从病区引种，避免病害蔓延，对怀疑带病种子用51-54℃温水浸种10分钟，或用有效成分0.15托布津药液浸种10分钟。
（2）轮作倒茬，实行稻麦轮作，或与棉花、烟草、蔬菜等经济作物轮作也可改种大豆、油菜、马铃薯等作物，这样也能明显降低发病。
（3）增施腐熟的有机肥，提倡施用酵素菌沤制的堆肥、采用配方施肥技术、增加土壤根际微生物来促进小麦植株的抗逆能力。
（4）提倡用种子重量0.2%的2%立克秀拌种、防效90%左右。严重地块用3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂（华丹）80毫升，兑水100-150ml,拌20-25斤麦种，晾干即可播种也贮藏再播种。
（5）小麦播种后20-30天，每亩使用15%三唑酮（粉锈宁）可湿性粉剂150-200g兑水60L,顺垄喷洒，翌年返青期再喷一次，可有效控制全蚀病为害，并可兼治白粉病和锈病。
（6）在小麦全蚀病、根腐病、纹枯病、黑穗病与地下害虫混合发生地区或田块，可选用40%甲基异柳磷乳油50ml或50%辛硫磷乳油100ml,加20%三唑酮（粉锈宁）乳油50ml后，兑水2-3kg、拌麦种50kg、拌后堆闷2-3小时，然后播种，这样能有效防治上述病害，兼治地下害虫。
二、小麦全蚀病的流行规律
1、土壤肥力、耕作制度以及耕作条件等都是影响小麦全蚀病发生的主要原因。如果小麦是和夏玉米采取复种的措施会为病菌创造更好的累积条件，所造成的病害威胁也相对比较严重。
2、在小麦种植土壤中土壤的肥力低的情况下，氮、磷、钾等肥力失调会导致小麦的病情不断的加重。一般土壤土质疏松、肥力低，碱性土壤发病较重。
3、土壤潮湿有利于病害发生和扩展，水浇地较旱地发病重。与非寄主作物轮作或水旱轮作，发病较轻。根系发达品种抗病较强，增施腐熟有机肥可减轻发病，冬小麦播种过早发病重。