大棚蔬菜对施肥要求很高，假若施肥不当，则不仅会导致土壤板结，引起蔬菜肥害，而且还会影响硝酸盐、亚硝酸盐含量超标。而这两种物质对人体健康有极大的危害。因此，在大棚蔬菜生产上，一定要慎施化肥，科学施肥。
多施有机肥少施化肥有机肥料养分含量较全，肥效持久，施用后不仅能改良菜地土壤，还可为蔬菜提供多种养分。每亩大棚施有机肥至少要达到3立方以上。
控施化学氮肥，增施磷钾肥氮肥虽然是大棚蔬菜生产中不可缺少的肥料，但也不能过量施用。而磷、钾作为品质元素，可参与蔬菜体内的一切生化反应，可活化蔬菜体内60多种酶，使蔬菜抗逆性能明显增强，因此应大量施用。另外，在大棚蔬菜生产管理上，应适当增加掀棚、开窗的次数及时间，增加光照强度，以尽量减少蔬菜体内硝酸盐的含量。需要禁止或限量施用的化学氮肥主要包括：禁止施用硝态氮如硝酸铵、硝酸钾以及含硝态氮的复混肥，减少蔬菜中硝酸盐积累。
不宜施含氯化肥如氯化钾、氯化铵等氯离子能降低蔬菜中的淀粉含量，使品质变劣，产量降低，而且残留于土壤中易造成土壤脱钙，引起板结。
限量施用硫酸镁、硫酸铵类肥料因为肥料中的硫酸根离子，不易被蔬菜吸收而留在土壤中，危害蔬菜生长。另外还要限量施用碳铵，因氨气挥发，容易引起氨害。
实施测土配方平衡施肥大力推广蔬菜专用型复合肥料。专用性肥料是根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况而研制确定的，养分更齐全、营养更科学、配方更合理、针对性更强，施用后能显着提高蔬菜产量和改善蔬菜品质。