农业防治。育苗场地的选择：选择地势高、地下水位低、排水良好、水源方便、避风向阳的地方育苗。[2]。育苗前土壤处理，化学防治。发病前半月喷1:2:（200-400）倍波尔多液，也可以用50%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍等。
育苗场地的选择、育苗前土壤处理、加强土壤管理、发病前半月喷1:2:（200-400）倍波尔多液，也可以用50%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍、40%退菌特可湿性粉剂500-700倍、25%多菌灵300-400倍液等，在6月中旬、7月中旬、8月中旬喷药3次。
苹果灰斑病的防治方法以农业防治和化学防治为主。首先在秋冬季彻底清扫果园内的落叶，集中焚烧。合理修剪，改善树冠内通风透光条件；雨季及时排涝，增施有机肥。5月底至6月上旬喷波尔多液保护春梢。生长季节喷50%敌菌丹可湿性粉剂600倍液，或80%大生M-45水剂1000倍液。