定期清理鸡舍的杂物是进行消毒的前提。每天清理鸡舍内的鸡粪和饮水器中的残留物，保持鸡舍内的卫生环境，减少病菌滋生的机会。定期清理鸡舍的杂物，不仅能减少病菌滋生的环境，也可以提高鸡舍内的空气质量。
消毒鸡舍的方法有多种选择。常见的消毒方法包括物理消毒、化学消毒和生物消毒。
物理消毒是指利用物理手段杀灭病菌，如高温消毒。可以通过加热鸡舍内的空气或物体，将温度提高到病菌不能生存的范围，从而达到消毒的效果。但是要注意控制温度，避免鸡舍内的设备损坏或者火灾的发生。
化学消毒是利用化学物质来杀灭病菌，如漂白粉、过氧化氢等。在消毒前需要将鸡舍内的鸡群和饲料等物品清理干净，然后按照说明将化学物质稀释后喷洒在鸡舍内的各个角落，保证鸡舍内的每个部分都能被消毒液覆盖到。但要注意使用化学物质时的安全性，避免对鸡群和养殖者自身造成伤害。
生物消毒是利用生物制剂来杀灭病菌，如益生菌、有益菌等。这种方法相对比较环保，对鸡群的伤害较小。可以将生物制剂稀释后使用喷雾器在鸡舍内喷洒，也可以添加在饲料中，通过鸡群的消化道来杀灭病菌。但要注意选择适合的生物制剂，并按照说明正确使用。