小麦纹枯病主要采用化学防治与农业措施相结合的综合防治方法，播种时要选择抗病性较好的品种，不可将单一抗原品种进行大面积种植，播种前可用咯菌腈悬浮剂、戊唑醇悬浮拌种剂、粉锈宁可湿性粉剂等药剂进行拌种，生长过程合理施用氮肥、磷肥、钾肥，提高小麦抗病能力，进入拔节期后可适量使用苯甲·丙环唑乳油。
纹枯病的防治方法主要分为农业防治和药剂防治，药剂防治主要选用井冈霉素、甲基硫菌灵等进行防治。
首先选用抗病能力强的品种，深翻土地的时候要让病残体腐熟分解，用病残体沤肥时，需要充分的腐熟后再施用，同时注意磷肥和钾肥的合理施用，发病比较重的地块要实行轮作。