1.病斑型以褐斑病为主，子实体表面有白色的毛状菌丝，同时着生褐色小斑点，受其影响，蘑菇顶盖上出现萎缩，个别的蘑菇盖部干裂；还有的以锈斑为主，蘑菇柄、菇盖上出现铁锈色的斑点，主要原因是棚内湿度过大，通风不良。2.畸型主要表现在蘑菇柄细长，根系发达且粗壮，外部形态好像海中的珊瑚，主要原因是大棚中缺少氧气或者通风不良。3.徒长型：蘑菇的菌丝体表层生出大量团状气生菌丝，使平蘑出现了徒长的状态。这种现象的发生主要是大棚内湿度过大，影响了蘑菇的正常生长。
常见病虫害有链孢酶、青霉、黄曲霉、木霉、轮枝霉、疣孢霉、鬼伞、线虫、蛞蝓、谷蛾、谷盗等。
蘑菇主要防治螨类害虫，病菌感染。
蘑菇常见病虫害有青霉、黄曲霉、轮枝霉、线虫等。