消毒剂的选择也很重要。消毒剂按功能可分为杀菌剂、杀毒剂和灭菌剂。有此消毒剂使用很广泛，效果很好，但是对病毒的杀灭能力有限，比如双链季胺盐类消毒剂。在猪场流行病毒病的时候，用这一类消毒剂就难以达到杀灭病毒的效果。有些消毒剂杀灭病毒效果虽然不错，但局限性很大，比如甲醛、来苏尔、气味很浓，消毒过后容易引起猪的呼吸道病，甚至引起母猪不发情。金维康是一种高端的碘消毒剂。碘和氯消毒剂是猪场最重要的二类消毒剂。具有无味、无臭、杀灭细菌病毒能力强的优点。猪场平时可选择这二类消毒剂进行轮换消毒，可以获得较好的效果。一般的消毒剂带猪消毒时400-600倍稀释是科学的，有疫情时200-400倍稀释喷洒消毒。
养猪场消毒方法：1、圈舍内带猪消毒。一般应用碘、氯、季铵盐等制剂的可带猪消毒药进行消毒，需要两到三种消毒药交叉使用，防止产生耐药性。2、圈舍外环境消毒。一般应用过氧乙酸或者火碱等强酸强碱进行消毒，由于没有猪这样消毒效果好，需要注意个人防护。