苗期，成株期均可发病，叶茎果均可感病，苗期发病又称猝倒病，果实染病，初期暗绿色水浸状病斑，后期变褐软腐，茎部染病，分叉处变为黑褐色或黑色最常见，病斑初为水浸状，后期变成褐色或黑色条斑，造成地上部折倒。
辣椒疫病是由疫霉病菌引发的病害，一般在雨季，或大雨后天气突然转晴，气温急剧上升，易感染发病。辣椒苗期至成株期的叶、茎、果均可感病。幼苗茎基部产生水渍状腐烂，病部暗绿色，最后呈猝倒状或立枯状死亡。成株期叶片上产生暗绿色圆形病斑，边缘不明显，空气潮湿时，病斑迅速扩展，使整个枝条上产生暗褐色和黑色病斑，边缘不明显。茎基部出现黑色或暗褐色软腐坏死，引起植株萎蔫，最后枯死。果实感病后呈暗绿至暗褐色，潮湿时果面密生灰绿色霉状物。
（1）苗期发病：辣椒植株茎基部呈暗绿色水浸状软腐或猝倒（有的植株茎基部呈黑褐色），后幼苗枯萎而死。（2）成株期发病：辣椒叶片出现暗绿色病斑，环境潮湿时病斑迅速扩大，部分叶片软腐；茎、枝出现暗褐色或黑色条斑，病斑以上枝叶很快枯萎死亡，茎基部常发生褐色软腐，病部长出白色霉层；果实多从蒂部开始发病，初呈暗绿色水渍状不规则病斑，后病斑扩展至全果，果肉和种子变褐色，病果失水干缩挂在枝上呈暗褐色僵果，环境潮湿时，果面长出稀疏白色絮状霉层。