小麦赤霉病在小麦齐穗期时应喷施杀菌剂进行预防。在出现病情后，可以使用三唑酮、福美双、井冈霉素、氟环唑等药剂进行喷雾防治，并同时加强田间管理，提高植株抗病力。
防治小麦赤霉病需要在小麦花前和花后各喷一次杀菌剂。
选用抗病品种，及时清沟排渍，在发病初期用三唑酮或者是福美双兑水喷雾防治。
防治小麦赤霉病方法如下：（1）及时清理深沟大渠开挖完善田间一套沟，排明水降暗渍，千方百计减少耕作层滞水是防止小麦湿害的主攻目标。对长期失修的深沟大渠要进行淤泥的疏通，抬田降低地下水位，防止冬春雨水频繁或暴雨过多，利于排渍，做到田水进沟畅通无阻。与此同时搞好"三沟"配套，旱地麦或水田麦都必须开好厢沟、围沟、腰沟，做到沟沟相连，条条贯通，雨停田干，明不受渍，暗不受害，提倡水浇麦大面积连片种植。（2）增施肥料对湿害较重的麦田，做到早施巧施接力肥，重施拔节孕穗肥，以肥促苗升级。冬季多增施热性有机肥，如渣草肥、猪粪、牛粪、草木灰、沟杂马、人粪尿等。化肥多施磷钾肥，利于根系发育、壮秆，减少受害
选用抗病、耐病品种。适时早播，播种，避开扬花期遇雨。合理施肥，增施底肥，氮磷配合，追肥早施、少施，提高植株抗病力。雨后及时排水，降低田间湿度。深耕灭茬，秸秆过腹还田或堆沤后施用。小麦播种前，清除田间农作物残体，减少菌源。
小麦赤霉病可用三唑酮、多菌灵等杀菌剂兑水喷雾防治。