小麦根腐病的防治方法可采取种子消毒、栽培防病、利用抗病品种和喷药防治等综合措施。
加强田间管理，科学施肥灌水，做好病虫害防治。
小麦根腐病的防治一是选抗病品种，二是播前种子包衣或药剂拌种，三是播前土壤处理，四是适时晚播和适量播种，五是发现病株立即化学药剂防治。
小麦根腐病防控的主要措施是选用抗病品种、实行轮作。
预防和防治措施:1、轮作倒茬轮作倒茬种植降低根腐病菌在土壤中的存活量。2、播种方面播种要适时,既要避免苗弱、苗黄,又要控制旺长,同时整地质量的好坏,也能起到一定的预防效果。3、播前拌种播前拌种是预防根腐病很有效的措施。4、合理施肥从底肥开始,不要过度的追求某一个含量的元素。
小麦与非寄主作物油菜、大麦等进行多年轮作，这样可以减轻发病。冬麦适时迟播，要避开传毒介体的侵染时期。土壤中增施基肥，这样可以提高苗期抗病能力。
选择抗病品种，加强肥水管理，及时防治病虫害。
小麦根腐病要采取综合防治措施，严重地块要进行1～2年轮作，药剂防治要采取“发生一点治一片，发生一片治全田”的办法。
1、因地制宜地选用适合当地栽培的抗根腐病的品种，种植不带黑胚的种子。2、提倡施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥。麦收后及时耕翻灭茬，使病残组织当年腐烂，以减少下年初侵染源。3、采用小麦与豆科、马铃薯、油菜等轮作方式进行换茬，适时早播，浅播，土壤过湿的要散墒后播种，土壤过干则应采取镇压保墒等农业措施减轻受害。