因生长期间水分供应不足或不稳定引起的。即在花期至坐果期遇到干旱，番茄叶片蒸腾消耗增大，果实，特别是果脐部所需的大量水分被叶片夺走，导致其生长发育受阻，形成脐腐。发病初期，幼果脐部出现水浸状暗绿色病斑，后逐渐扩大，至果实脐部凹陷，变为黑色，逐渐扩大。
未成熟的绿果易发病。一般雨后干旱，或前期灌水较多，后期缺水，根系发育不良，突然遭受干热风的袭击，叶部蒸腾量超过根部吸水量；氮肥过多，或酸性土壤都有利于脐腐病的发生。品种之间也存在差异，果脐脐端花器不易脱落和花痕大的品种，易遭受腐生菌腐生，使果实受害加重；果实中钙含量低于0.2%时，易发病。
此病是由水分供应失调、缺钙、缺硼等原因导致的生理性病害。一般在第一果穗座果之后，植株处于生育旺盛阶段。遇干旱，特别是大棚栽培的，为预防灰霉病或菌核病的发生，采取降湿栽培措施，当叶片蒸腾需消耗大量水分，导致果实，特别是脐部的水分被叶片夺走时，造成果实内部水分失调，果实的生长发育受阻，形成脐腐。也因偏施氮肥，造成植株氮营养过剩，植株生长过旺，使番茄不能从土壤中吸收足够的钙和硼，致使脐部细胞生理紊乱，失去控制水分的能力而引起脐腐病的。有时沿江的砂壤土，因土壤含盐量较高，也易引发缺钙的生理障害，一般在土壤中硼的含量低于0.5ml/L，或果实中钙的含量若低于0.2%，均易引发脐腐病的发生。
将完整的五六分熟的西红柿，放进塑料食品袋中，扎紧口，放置在室温阴凉处。并且每天打开袋子1次，通风换气5分钟左右，如果塑料袋中有水，可以用毛巾擦干或换一个塑料袋。
该病属于一种生理病害。一般认为是由于缺钙引起，即植株不能从土壤中吸收足够的钙素，加之其移动性较差，果实不能及时得到钙的补充。当果实含钙量低于0．2％时，致使脐部细胞生理紊乱，失去控制水分能力而发生坏死，并形成脐腐。在多数的情况下土壤中不缺乏钙元素，主要是土壤中氮肥等化学肥料使用过多，使土壤溶液过浓，钙素吸收受到影响。此外也有人认为此病是因生长期间水分供应不足或不稳定引起的。即在花期至坐果期遇到干旱，番茄叶片蒸腾消耗增大，果实，特别是果脐部所需的大量水分被叶片夺走，导致其生长发育受阻，形成脐腐。
该病属于一种生理病害。一般认为是由于缺钙引起，即植株不能从土壤中吸收足够的钙素，加之其移动性较差，果实不能及时得到钙的补充。当果实含钙量低于0．2％时，致使脐部细胞生理紊乱，失去控制水分能力而发生坏死，并形成脐腐。在多数的情况下土壤中不缺乏钙元素，主要是土壤中氮肥等化学肥料使用过多，使土壤溶液过浓，钙素吸收受到影响。