消毒药没有最好，只有交叉使用，用的方法对头，都有效果，不同的消毒对不同的疫病敏感性也不同，要正确选择使用。
猪瘟病毒：对碱性消毒药敏感，如火碱、生石灰，冬季可用2%的火碱溶液加5%的盐水进行消毒。口蹄疫病毒：对酸性、碱性消毒剂都敏感，如火碱等。蓝耳病毒：对醛类消毒剂(甲醛、聚甲醛等)、含氯消毒剂(5%的漂白粉溶液)、碱类制剂(氢氧化钠和生石灰等)敏感。圆环病毒：对外界环境的抵抗力较强，但对季铵盐加碘的消毒液敏感。伪狂犬病毒：对酸性、碱性、加碘消毒剂都敏感。细小病毒：对碱性和0.5%的漂白粉溶液敏感。乙脑病毒：常用消毒剂即可杀灭，如双季铵盐等。轮状病毒：对氯仿、乙醚敏感，但对化学试剂不敏感。流感病毒：对酚类消毒剂、乙醚敏感，但有呼吸道病时最好不要用酚类消毒药;传染性胸膜肺炎放线杆菌对苯扎溴铵敏感。
猪舍日常带猪消毒，设有最好的消毒药，3一5种消毒药交替使用（如聚维酮碘，本托溴铵，过养乙酸，戍二酫，氯制剂等）一种消毒前用一个季度，但不可2％烧碱或甲酫＋高锰酸钾薰蒸消毒，手术时消毒用高锰酸钾溶液。