施用时间农家肥见效慢，应早施，一般在播前一次性施入；而化肥用量少，见效快，一般应在作物吸收营养高峰期前7天左右施入。
施用方法农家肥要结合深耕施入土壤耕层，或结合起垄扣入垄底。与农家肥搭配的氮素化肥，30%作底肥，70%作追肥，磷肥和钾肥作底肥一次性施入。
施用数量如在瘠薄的土壤里种玉米，每亩可施农家肥4立方、尿素24公斤、磷肥13公斤，或施3个15%的复合肥13公斤；中等肥力土壤可施农家肥3立方、尿素20公斤，或施3个15%的复合肥12公斤；高肥力土壤可施农家肥2.5立方、尿素15公斤。尿素在追肥时使用效果更佳，复合肥以底肥为佳。