小麦条锈病主要发生在叶片上，叶鞘、茎杆、穗部、颖壳及芒上也可发生。苗期染病，幼苗叶片上着生多层轮状排列的鲜黄色夏孢子堆。成株期染病，叶片初期形成褪绿条斑，后逐渐形成隆起的疱疹斑(夏孢子堆)。
小麦条锈病主要危害叶片、茎秆、麦穗，主要表现为初期叶片由褪绿绿色发展为鲜黄色疱斑或者黑色疱斑。
叶片初期形成褪绿条斑，后逐渐形成隆起的疱疹斑。
小麦条锈病成株叶片初发病时夏孢子堆为小长条状，后期表皮破裂，出现锈褐色粉状物；小麦快成熟的时候叶鞘上会出现圆形或者卵圆形的黑褐色夏孢子堆，后期病部产生黑色冬孢子堆，且呈扁平堆短线状；还有叶鞘和茎秆，穗部、颖壳及芒上也会有条锈病的发生。
小麦条锈病在小麦各生长阶段的表现不同，最初在小麦叶片上呈鲜黄色多层轮状的夏孢子堆，与叶平行生长，到小麦生长管理后期，叶处开始龟裂，出现褐色粉状物；小麦生长后期，发生锈病部位出现黑色孢子堆。
小麦条锈病主要发生在叶片叶鞘，穗部，茎杆也可发生苗期感染。