苗期病株矮小，下部黄叶多，种子根和地中茎变成灰黑色，严重时麦苗连片枯死。拔节期冬麦病苗返青迟缓、分蘖少，黄叶多、病株根部大部分变黑，在茎基部和叶鞘内侧出现较明显灰黑色菌丝层。抽穗后症状最明显，田间病株成簇或点片状发生，早枯白穗、病根变黑，易于拔起，在茎基部表面及叶鞘内布满紧密交织的黑褐色菌丝层，呈黑脚状。
种子、土壤、粪肥均可携带病菌，越夏菌丝萌发侵入冬小麦种根越冬，翌年随小麦返青生长侵染到分蘖节和地上1~2节，导致小麦植株矮化、根茎腐烂而枯死。
引种混有病残体种子是污染病区发病的主要原因。割麦收获区病根茬上的休眠菌丝体成为下茬主要初侵染源。冬麦区种子萌发不久，夏病菌菌丝体就可侵害种根，并在变黑的种根内越冬。
小麦全蚀病的侵染循环有大循环和小循环，大循环是因连作，土壤及桔梗存有一定数量的病原体，下年继续侵染麦苗，小循环是田间个别病株上的病原体随水侵染附近植株。
割麦收获区病根茬上的休眠菌丝体成为下茬主要初侵染源。冬麦区种子萌发不久，夏病菌菌丝体就可侵害种根，并在变黑的种根内越冬。翌春小麦返青，菌丝体也随温度升高而加快生长，向上扩展至分蘖节和茎基部，拔节至抽穗期，可侵染至第1-2节，由于茎基受害腐解病株陆续死亡。