深沟高畦、施用有机肥、科学控水、药物处理。
西瓜根腐病预防措施：(1)选用菠萝种、冠星2号耐寒和耐雨水的节瓜品种。有条件的与十字花科、百合科作物实行3年以上轮作。(2)采用高畦栽培，认真平整土地，防止大水漫灌及雨后田间积水，苗期发病要及时松土，增强土壤透气性。(3)施用酵紊菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥。使土壤有机质含量高于2%，适量施用化肥，防止土壤酸化，施用SH土壤添加物，如动物粪便、糠麸、锯末、骨粉、饼肥、蔗渣、菇类堆肥、泥炭等可防止根腐病的发生。(4)科学管理水分，防止水分过多，过量，避免高湿条件出现，可减少发病。
预防措施：和非瓜类作物进行3-5年轮作，尽量避免连做；用葫芦、丝瓜等砧木进行嫁接栽，培提高抗病能力；加强田间管理，合理施肥浇水，培育壮苗提高抗病能力；实行高垄栽培，促进根系发育，减少病菌侵染机会；基肥以有机肥为主，有机肥必须充分腐熟，避免施用带菌肥料，进行浅中耕，保持底墒和土表干燥。化学防治：根腐病发病初期可选择用根尚雅随水灌溉或灌根，二是施入万稼能生物菌肥。通过补充益生菌可以形成益生菌环境，对多种土传病害的防治效果显著。