a.要实行3-5年以上的轮作制度，减少土壤中残留的病原菌。b.应选择排水通畅的地块栽培，或采取短畦、沟浇等栽培措施，切忌漫大水，降低土壤含水量。c.勤中耕，及时整枝打杈，防止叶蔓生长过密，通风不良。有条件的地区可采取铺草栽培或全覆盖栽培。d.预防用药：在预期发病时，益唯哚+丹彤套餐兑水15公斤，每7—10天1次。治疗用药。
品种选择：在近年国内推介的60多个西瓜品种中，对疫病表现抗耐病性的有湘西瓜3号、4号和6号，湖南沁无籽西瓜、琼雪、庆红宝等。至于一些一般表现抗病性较强的品种，如京欣1号、郑杂5号、新红宝、金花宝、特早佳龙、云中1号、长密1号和2号、中育1号、夏宝3号、八丰收3号、琼酥等是否也抗疫病有待各地进一步观察鉴定。
切忌在西瓜地收获之后与瓜果类蔬菜进行轮作，发现患病瓜应及时清除，防止传染。在有瓜发病时可喷洒药剂进行防治。例如霜脲锰锌等，一个星期喷洒一次，持续一个月左右即可。
种子消毒，用55℃恒温水浸种15分钟;也可用50%复方多菌灵胶悬剂500倍液浸种30分钟,水洗后催芽育苗或直接播种。发现病株后开始喷药,可选用58%雷多米尔锰锌可湿性粉剂500～700倍液、70%百德富可湿性粉剂500～700倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂600倍液、72%克露可湿性粉剂600～750倍液。
用30%霜霉威+25%氟吗啉+5%恶唑菌酮三元复配而成的疫霜快净，发病初期，用800倍液喷雾，病情严重时，可适当增加药量和喷雾次数，用药间隔期9-13天；或用50%烯酰吗啉、15%氟吗啉、5%多抗霉素三元复配的水分散颗粒剂无霜，在预防和发病初期，喷雾使用浓度500-800倍药液。病情严重时，可适当增加药量和使用次数，7-10天喷施一次。
防治方法：选用抗病品种后用新高脂膜拌种（可与种衣剂或是农药混用），保湿保温，驱避地下病虫。隔离病毒感染，增强萌芽吸胀功能，提高种子发芽率。选择排水良好田块，采用深沟高厢或高垄种植，雨后及时排水，整地下种后用新高脂膜600-800倍液喷雾土壤表面可保墒防水分蒸发，防晒抗旱、保温防冻，隔离病虫源并窒息式消灭，提高种子出苗率。
选择抗性强的品种，和排水好的地块，采用高垄栽培，种植密度要合理。种子播种前要注意消毒。发病初期要及时防治。防治可以选用吡唑醚菌酯，甲霜灵，甲霜灵锰锌，精甲霜灵，氰霜唑，多考喹啉铜，稀酰吗啉，精甲百菌清等。严重时可以采用上述药剂喷施加灌根处理。
西瓜疫病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先选用抗病品种，对种子进行消毒处理。实行3年以上轮作，控制浇水，及时拔除病株烧毁，雨季加强排水。利用黑籽南瓜、西葫芦、瓠瓜作砧木嫁接西瓜品种。加强肥水管理，再结合化学药剂进行防治。
西瓜定植后、开花期，选用80%代森锌可湿粉剂600-800倍液、或75%百菌清可湿粉剂500-700倍液、或50%克菌丹可湿粉剂400-500倍液、或40%乙膦铝可湿粉剂300倍液等喷药预防。发病初期，选用25%嘧菌酯悬浮剂1500-2000倍液、或30%醚菌酯悬浮剂2000-3000倍液、或72%霜脲·锰锌可湿性粉剂600-800倍液、或50%甲霜·铜可湿性粉剂600-800倍液、或53%精甲霜·锰锌水分散粒剂600-800倍液喷雾防治，间隔7-10天1次，连续2-3次。也可用15%百·烯酰烟剂，或10%百菌清烟剂薰烟防治。
加强肥水管理：施用充分腐熟的农家肥，禁止施用含有西瓜秧蔓、叶片、瓜皮的圈肥。提倡配方施肥，不要偏施氮肥。西瓜苗期是需肥临界期，这一时期容易产生磷素和钾素缺乏。