芝麻根腐病多发生在土壤水分过多的低洼、积水地，或大水淹后，根部窒息引致根部腐烂，生理机能衰弱，造成植株萎蔫死亡。防治方法如下：1、采用高畦或选择高燥地块种植芝麻。2、合理肥水管理。科学施肥，增施磷钾肥，避免偏施氮肥，提高植株抗病力；适时灌溉，雨后及时开沟排水，防止田间积水。
预防为主。做好三点：一是整地时要深翻，晒地，撒生石灰。二是风雨天不要移栽。三是移栽时用地菌灵、五氯硝基苯灌根。
防治方法：（1）采用高畦或选择高燥地块种植芝麻。（2）合理肥水管理。科学施肥，增施磷钾肥，避免偏施氮肥，提高植株抗病力；适时灌溉，雨后及时开沟排水，防止田间积水。
用多菌宁兑水喷施可以防治。
芝麻的根腐病，可以用乙酸素灌根。