水肥管理不当，没及时喷洒病虫害药物。
病菌主要以菌核在土中或混杂在种子中越冬和越夏。萌发时，产生子囊盘及子囊孢子。在华中地区，菌核萌发一年发生两次，第一次在2-4月间，第二次为11-12月。萌发时，产生具有柄的子囊盘，子囊盘初为乳白色小芽，随后逐渐展开呈盘状，颜色由淡褐色变为暗褐色。子囊盘表面为子实层，由子囊和杂生其间的侧丝组成。
一、辣椒菌核病病菌以菌核遗落在土中或混杂在种子中越夏或越冬。在温湿度适宜时萌发产生子囊盘和子囊孢子，子囊孢子借气流传播到植株上形成初侵染。发病后通过接触形成再侵染。菌丝从伤口侵入，或其芽管直接穿过寄主失去膨压的表皮细胞间隙，侵入致病。二、南方2-4月份和10-12月份菌核有两次萌发高峰期，北方多在3-5月份发生。夏季气温升高，病情稍缓和，但如遇有3天以上的连阴雨，病情又回升。三、害虫、鼠害也可传播，病株和健株的互相接触也可传播。种植密度大、通风透光不良、偏施氮肥发病严重。
苗期发病在茎基部苗期发病在茎基部呈水渍状病斑,以后病斑变浅褐色,环绕茎一周,湿度大时病部易腐烂,无臭味,干燥条件下病部呈灰白色,。
南方2～4月份和10～12月份菌核有两次萌发高峰期，北方多在3～5月份发生。夏季气温升高，病情稍缓和，但如遇有3天以上的连阴雨，病情又回升。害虫、鼠害也可传播，病株和健株的互相接触也可传播。种植密度大、通风透光不良、偏施氮肥发病严重。