菌核的萌发、侵染有两种方式，一是在相对湿度在70%-80%，温度10-25度条件下产生子囊盘，子囊孢子弹射在空中，随气流、雨水和昆虫传播，从而引起茎腐和盘腐；另一种方式则是菌核病菌制直接萌发菌丝，侵染根部或茎基部造成根腐和茎基腐。
向日葵菌核病病原菌以菌核在土壤中越冬，若条件适宜，土壤中的菌核就会萌发而后产生子囊孢子，子囊孢子随风随雨水上传叶片直至向日葵肉盘，引起侵染。向日葵菌核病的发生和降雨量、温度及光照均有相关性。
向日葵菌核病的发生和降雨量、温度及光照均有相关性。菌核是否萌发形成子囊盘主要与7月下旬和8月上旬的降雨量有极高的相关性，因此，和温度相比，湿度是决定菌核是否萌发形成子囊盘的主要因素。