小麦条锈病主要危害小麦的叶片部位，茎秆和麦穗等部位有时也可见发病，病害发生受主要的症状特征为叶片褪绿绿色，病部长有成行排列的鲜黄色疱斑，或者是黑色疱斑。由于病害部位较大，发生部位较多，内部组织受损的叶片光合作用下降，蒸发水分的速度加快，会严重影响到小麦植株的生长发育，以及小麦灌浆期对于水分的需求，从而对小麦的产量造成严重的影响。
条锈病主要影响小麦的光合作用，导致小麦穗部营养吸收能力下降、灌浆不足、干物质积累少，造成麦粒干瘪，小麦减产。如果防控不及时，一般年份小麦条锈病会造成10%-30%的小麦减产损失，在病害大流行年份，减产可达到50%以上，甚至导致绝收。
条锈病会使旗叶丧失生理功能，严重影响产量。