挺甜瓜菌核病可以农业防治与化学防治相结合来进行防治。
选择抗病品种，轮作，化学防治。
加强水肥管理，及时防治病虫害。
种前实行深翻，使菌核不能萌发；实行轮作，未发病的温室或大棚忌用病区培育的幼苗，育苗土要行药剂消毒，防止菌核随育苗土传播；
首先在播种前要实行土深翻，这样能使菌核不能萌发，要实行轮着操作，要及时把大棚内的杂草清除千净，幼苗要没病菌的大棚里培育，防止菌核随着育田土传播，有条的话，最好覆盖地膜，抑制菌核萌发及转变成囊盘出土，如果发现了囊盘要及时铲除掉，并且要集中销毁。还必须要注意通风排湿，减少菌核传播蔓延。药剂防治:每亩地用10%进克灵烟剂250∽300克熏1夜，这种做法是在发病初期。
（1）注意通风排湿，生长期及时清除基部老黄病叶及病株。（2）在早春子囊盘萌发刚出土时，结合中耕管理及时铲除子囊盘，减少初侵染源。（3）发病初期随时清除染病组织并及时进行药剂防治，晴暖天气可选用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或40%菌核净可湿性粉剂500倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂1000倍液，或50%异菌脲悬浮剂1000~1500倍液喷雾，5~7天防治一次，防治2~3次。有条件的可用上述药剂的粉尘剂喷粉或采用常规烟雾施药防治。
防治方法：（1）农业防治。①甜瓜收获后及时仔细清除病残体，深翻土壤，将遗漏的菌核深埋在土壤深层使之不能萌发出土。病重棚室进行土壤处理。②冬春季棚室注意通风排湿，生长期及时清除基部老黄病叶及病株。③在早春子囊盘萌发刚出土时，结合中耕管理及时铲除子囊盘，减少初侵染源。（2）化学防治。发病初期随时清除染病组织并及时进行药剂防治，可选用65%甲霉灵可湿性粉剂600倍液，或50%多霉灵可湿性粉剂700倍液，或40%菌核净可湿性粉剂1200倍液，或45%特克多悬浮剂1200倍液，或10%宝丽安可湿性粉剂800倍液喷雾，7～10天防治1次。有条件的选用上述药剂的粉尘剂喷粉或采用常规烟雾施药防治效果更理想。
做好田间管理及病虫害防治工作。
选择抗病菌品种，土地轮作，科学防治。
加强水肥管理，前期处理是关键。