生菜菌核病主要为害茎基部。最初病部为黄褐色水渍状，逐渐扩展至整个茎部发病，使其腐烂或沿叶帮向上发展引起烂帮和烂叶，最后植株萎蔫死亡。保护地内湿度偏高时，病部产生浓密絮状菌丝团，后期转变成黑色鼠粪状菌核。
病菌以菌核或病残体遗留在土壤中越冬。北方地区3～4月气温回升到5～30℃，只要土壤湿润，菌核就萌发产生子囊盘和子囊孢子。子囊盘开放后，子囊孢子成熟即喷出，形成初次侵染。子囊孢子萌发先侵害植株根茎部或基部叶片。受害病叶与邻近健株接触即可传病。菌核本身也可以产生菌丝直接侵入茎基部或近地面的叶片。发病中期，病部长出白色絮状菌丝，形成的新菌核萌发后，进行再次侵染。发病后期产生的菌核则随病残体落人土中越冬。土壤中有效菌核数量对病害发生程度影响很大。新建保护地或轮作棚室土中残存菌核少，发病轻，反之发病重。
生菜菌核病主要为害茎基部。病菌以菌核或病残体遗留在土壤中越冬。