选择西瓜种植地时,应避免选用连作、积水的地块进行种植。选用抗病西瓜品种,如无籽西瓜;在播种前种子进行消毒,可用55℃温水浸种15分钟,或用50℃温水浸种0.5小时进行消毒。或用40%福尔马林150倍液浸种30分钟,冲洗干净后,再浸种催芽播种。或用25%可湿性粉剂。
病原以菌丝体或卵孢子随病残体在土壤中或粪肥里越冬。种子可带菌，但带菌率不高。第2年病原借气流、雨水或灌溉水传播，湿度大时，病斑上产生孢子囊及游动孢子进行再侵染。
病菌主要以卵孢子在土壤中的病株残余组织内或未腐熟的肥料中越冬，并可长期存活。厚垣孢子在土中也可存活数月，种子也能带菌，这些都是第二年田间发病的初侵染源。卵孢子和厚垣孢子通过雨水、灌溉水传播，形成孢子囊和游动孢子，从气孔或直接穿透侵入引起发病。植株发病后，在病斑上产生孢子囊，借风、雨传播，进行再侵染。果实成熟期，果面出现果粉时，病菌难于侵入，但可从未成熟果或害虫危害处或伤口侵入而发病。