重病年及时喷药保护,第一次在小麦扬花期,第二次在小麦乳熟初期,药剂有25%三唑酮和50%福美双可湿性粉剂。
在发病初期喷施甲基托布津，代森锰锌，多菌灵，苯醚甲环唑等杀菌剂。
小麦根腐病可用三唑酮，代森锰锌，多菌灵等药物防冶。
高发地区，药剂拌种是关键。发病初期及时用三唑酮药到吐喷雾。
于麦播前每10公斤麦种用2%立可秀（戊唑醇）30克，或50%适麦丹（苯醚甲环唑·咯菌腈）0.5-1.5克，或3%敌萎丹（苯醚甲环唑）50—60毫升，或2.5%适乐时（咯菌腈）20毫升以上药剂任选一种对水0.5公斤均匀拌种堆闷2—3个小时再播种。
在发病初期喷施甲基托布津发，代森锰锌多菌灵等防治。
恶霉灵和甲霜恶霉灵是对抗根腐病常使用和效果好的农药杀菌剂。