在小麦播种前，可用35%苯甲·咯·噻虫悬浮种衣剂进行拌种，可有效阻止病菌侵染种子和幼苗，预防根腐病的发生，还可兼治纹枯病、全蚀病、蛴螬、金针虫、蚜虫等病虫，省工省时效果好。
小麦根腐病可以用络氨铜、甲霜灵、乙蒜百素、枯草芽孢杆菌灌根，每7天一次，连续灌根2-3次。小麦根腐病是一种或多种真菌复合侵染引起的病害，防治时可以选择抗病品种种植，春小麦选择龙麦23号、龙辐麦7号等，冬小麦选择郑州8915、西农88号、西农881等品种。
防治方法：（1）选育抗病品种。（2）加强栽培防病措施。控制苗期病害的关键是适时播种，施足基肥，及时追肥，覆土不宜过深，麦田不连作。（3）药剂拌种。（4）发病初期，化学防治。